Phòng Vật lý sinh học

Hướng nghiên cứu chính 

Nghiên cứu cấu trúc, chức năng và sự tương tác của các phân tử sinh học quan trọng như protein, gene, và màng tế bào. Thiết kế thuốc nhắm mục tiêu để ức chế các yếu tố tiềm năng như peptide Amyloid beta, neuraminidase, Mpro của virus SARS-CoV-2, … Đồng thời, xây dựng và cải tiến các thuật toán, mô hình và phần mềm nhằm hỗ trợ phân tích dữ liệu, mô phỏng và dự đoán các quá trình sinh học.

Danh sách các thành viên

Nhiệm vụ khoa học đang thực hiện:

1. Nghiên cứu các hợp chất hướng ức chế AChE hỗ trợ điều trị bệnh sa sút trí tuệ sử dụng kết hợp mô hình máy học (ML), mô phỏng động lực học phân tử, và thử nghiệm trong ống nghiệm (Sở KHCN Tp. Hồ Chí Minh).

2. Tìm kiếm các hợp chất có khả năng ức chế mạnh virus Covid-19 từ cây chùm ruột Phyllanthus acidus và cây me rừng Phyllanthus emblica (NAFOSTED)

Nhiệm vụ khoa học hoàn thành: 

1. Nghiên cứu khả năng ức chế AChE của các hợp chất chiết xuất từ tinh dầu hạt Neem bằng công cụ máy tính (Công ty Cổ phần quốc tế AOTA).

2. Nghiên cứu ảnh hưởng của đột biến vùng lõi kỵ nước trên cấu trúc của các tiền sợi Aβ sử dụng mô phỏng đông học phân tử trao đổi mô hình (NAFOSTED).

3. Cơ chế di chuyển của ion Ca2+ qua các cấu trúc giống kênh ion tạo bởi các peptit Aβ xuyên màng: nghiên cứu in silico

4. Nghiên cứu cấu trúc và sự chọn lọc cơ chất của các enzyme AA13 sử dụng tính toán lượng tử và mô phỏng phân tử

5. Nghiên cứu enzyme polysaccharide monoxygenase và các enzyme liên quan trong quá trình gây bệnh của nấm Magnaporthe oryzae và một số ứng dụng

6. Nghiên cứu về cấu trúc hình học, cấu trúc điện tử, thông số năng lượng và tính chất vật lý các hệ nguyên tử nhôm dưới kích thước nano được pha tạp bởi nhiều kim loại chuyển tiếp

7. Nghiên cứu sử dụng phương pháp tính toán mô phỏng kết hợp thực nghiệm nhằm tìm kiếm các hợp chất tiềm năng ức chế tế bào ung thư từ hợp chất khung xanthone nguồn gốc tự nhiên (Nhà nước 562)

8. Thiết kế, tổng hợp và đánh giá tác dụng sinh học của các dẫn chất tetrazol đa chức năng mới hướng dùng điều trị bệnh Alzheimer (VinIF)

Công bố tiêu biểu:

	Quynh Mai Thai, Nguyen Thanh Tung, Dung Do Thi Mai, Son Tung Ngo, Dimerization of the Aβ42 under the Influence of the Gold Nanoparticle: A REMD Study. J. Phys. Chem. B 2024, 128, 47, 11705–11713. (Q1, IF: 2.8)
	Thi-Kim-Dung Le, Thuc-Huy Duong, Warinthorn Chavasiri. Chemical constituents with their alpha-glucosidase inhibitory activity from the whole plant of Ceratophyllum demersum. Phytochemistry. 2025, 229,  114290 (Q1, IF: 3.2)
	Phuong Nguyen, Ayyalusamy Ramamoorthy, Bikash Sahoo, Jie Zheng, Peter Faller, John Straub, Laura Domínguez, Joan-Emma Shea, Nikolay Dokholyan, Alfonso De Simone, Buyong Ma, Ruth Nussinov, Saeed Najafi, Son Tung Ngo, Antoine Loquet, Mara Chiricotto, Pritam Ganguly, James McCarty, Mai Suan Li, Carol Hall, Yiming Wang, Yifat Miller, Simone Melchionna, Birgit Habenstein, Stepan Timr, Jiaxing Chen, Brianna Hnath, Birgit Strodel, Rakez Kayed, Sylvain Lesne, Guanghong Wei, Fabio Sterpone, Andrew Doig, Philippe Derreumaux, Amyloid Oligomers: A Joint Experimental/Computational Perspective on Alzheimer’s Disease, Parkinson’s Disease, Type II Diabetes and Amyotrophic Lateral Sclerosis. Chem. Rev. 2021, 121, 2545–2647. (Q1, IF: 51.5)

Công bố mới: 

	Quynh Mai Thai, Trung Hai Nguyen, George Binh Lenon, Huong Thi Thu Phung, Jim-Tong Horng, Phuong-Thao Tran, Son Tung Ngo. Estimating AChE inhibitors from MCE database by machine learning and atomistic calculations. J. Mol. Graph. Model. 2025, 134, 108906. (Q2, IF: 2.7)
	Pham Thi Thu Thao, Dinh Quy Huong, Nguyen Minh Thong, Mai Van Bay, Son Tung Ngo, Quan Van Vo, Pham Cam Nam. Revisiting the radical trapping activity of N–H and O–H in N-phenylhydroxylamine: a DFT study. Phys. Chem. Chem. Phys. 2025, 27, 8457-8466 (Q2, IF: 3.7)
	Tran Thi Hoai Van, Minh Quan Pham, Truong Thi Thu Huong, Bui Nguyen Thanh Long, Pham Quoc Long, Le Thi Thuy Huong, George Binh Lenon, Nguyen Thi Thanh Uyen, Son Tung Ngo. Searching potential GSK-3β inhibitors from marine sources using atomistic simulations. Mol. Divers. 2025 (Q2, IF: 3.9)
	Quynh Mai Thai, Huong TT Phung, Nguyen Thanh Tung, Linh Hoang Tran, Son Tung Ngo. Assessing the ligand-binding affinity of chitinase inhibitors using steered-molecular simulations. Chem. Phys. Lett. 2025, 864, 141899. (Q2, IF: 2.8)
	Thong Nguyen-Minh Le, Thong Le Minh Pham, Thang Bach Phan, Yoshiyuki Kawazoe. Stabilization of small organic molecules on V2C and V2CO2 MXenes: first-principles insights into the performance of van der Waals functionals and the effect of oxygen vacancies. RSC Adv. 2025, 15, 301-311. (Q1, IF: 3.9)