Phòng Vật lý sinh học

Hướng nghiên cứu chính 

Nghiên cứu cấu trúc, chức năng và sự tương tác của các phân tử sinh học quan trọng như protein, gene, và màng tế bào. Thiết kế thuốc nhắm mục tiêu để ức chế các yếu tố tiềm năng như peptide Amyloid beta, neuraminidase, Mpro của virus SARS-CoV-2, … Đồng thời, xây dựng và cải tiến các thuật toán, mô hình và phần mềm nhằm hỗ trợ phân tích dữ liệu, mô phỏng và dự đoán các quá trình sinh học.

Danh sách các thành viên

Nhiệm vụ khoa học đang thực hiện:

1. Nghiên cứu tiền sợi Amyloid-β và tương tác của chúng với chất ức chế sử dụng mô hình trí tuệ nhân tạo và phương pháp tính toán vật lý (Đề tài phát triển - NAFOSTED)

2. Nghiên cứu sàng lọc các hợp chất có hoạt tính ức chế hoạt động của enzyme alpha-glucosidase, hoạt tính kháng viêm và hoạt tính gây độc tế bào của hai loài thực vật thuộc Chi Artocarpus: nghiên cứu trên in vitro, in vivo và in silico (Đề tài khai phá - NAFOSTED)

3. Thiết kế cấu trúc nano kim loại gắn trên vật liệu MXene nhằm tăng cường chức năng cảm biến các hợp chất dễ bay hơi (Đề tài khai phá - NAFOSTED)

Nhiệm vụ khoa học hoàn thành: 

1. Nghiên cứu các hợp chất hướng ức chế AChE hỗ trợ điều trị bệnh sa sút trí tuệ sử dụng kết hợp mô hình máy học (ML), mô phỏng động lực học phân tử, và thử nghiệm trong ống nghiệm (Sở KHCN Tp. Hồ Chí Minh).

2. Nghiên cứu khả năng ức chế AChE của các hợp chất chiết xuất từ tinh dầu hạt Neem bằng công cụ máy tính (Công ty Cổ phần quốc tế AOTA).

3. Nghiên cứu ảnh hưởng của đột biến vùng lõi kỵ nước trên cấu trúc của các tiền sợi Aβ sử dụng mô phỏng đông học phân tử trao đổi mô hình (NAFOSTED).

4. Cơ chế di chuyển của ion Ca2+ qua các cấu trúc giống kênh ion tạo bởi các peptit Aβ xuyên màng: nghiên cứu in silico

5. Nghiên cứu cấu trúc và sự chọn lọc cơ chất của các enzyme AA13 sử dụng tính toán lượng tử và mô phỏng phân tử

6. Nghiên cứu enzyme polysaccharide monoxygenase và các enzyme liên quan trong quá trình gây bệnh của nấm Magnaporthe oryzae và một số ứng dụng

7. Nghiên cứu về cấu trúc hình học, cấu trúc điện tử, thông số năng lượng và tính chất vật lý các hệ nguyên tử nhôm dưới kích thước nano được pha tạp bởi nhiều kim loại chuyển tiếp

8. Nghiên cứu sử dụng phương pháp tính toán mô phỏng kết hợp thực nghiệm nhằm tìm kiếm các hợp chất tiềm năng ức chế tế bào ung thư từ hợp chất khung xanthone nguồn gốc tự nhiên (Nhà nước 562)

9. Thiết kế, tổng hợp và đánh giá tác dụng sinh học của các dẫn chất tetrazol đa chức năng mới hướng dùng điều trị bệnh Alzheimer (VinIF)

Công bố tiêu biểu:

	Quynh Mai Thai and Son Tung Ngo. Aβ42 Adopts a Stronger Binding Affinity to the Gold Surface than Aβ40. The Journal of Physical Chemistry B. 2026, 130 (4), 1175-1181.
	Svetlana S. Efimova, Polina D. Zlodeeva, Quan Minh Pham, Huong Thi Thu Trinh, Ha Minh Le, Van Thị Hong Nguyen, Long Quoc Pham, Olga S. Ostroumova. The Effects of several natural protoberberine alkaloids and cinnamic acid derivatives used for traditional medicine on the membrane boundary potential and lipid packing stress. International Journal of Molecular Sciences. 2025, 26 (22), 11237
	Hoang Anh Nguyen, Trung Hai Nguyen, Van V. Vu, Philippe Derreumaux and Son Tung Ngo. Varoglutamstat Inhibits the Dimerization of the Aβ25–35 Fragment in Aqueous Solution. The Journal of Physical Chemistry B 2025, 129 (37): 9304-9311.

Công bố mới:

	Quang Tung Dao, Thi Mai Dung Do, Quynh Mai Thai, Phuong-Thao Tran, Son Tung Ngo, Trung Hai Nguyen. Identifying Potential BACE1 Inhibitors from the ChEMBL Database Using Machine Learning and Atomistic Simulation Approaches. ACS Omega. 2026. (Q1, IF: 4.3)
	Quynh Mai Thai, Son Tung Ngo. Aβ42 Adopts a Stronger Binding Affinity to the Gold Surface than Aβ40. The Journal of Physical Chemistry B. 2026. (Q1, IF: 2.9)
	Svetlana S. Efimova, Polina D. Zlodeeva, Quan Minh Pham, Huong Thi Thu Trinh, Ha Minh Le, Van Thị Hong Nguyen, Long Quoc Pham, Olga S. Ostroumova. The Effects of Several Natural Protoberberine Alkaloids and Cinnamic Acid Derivatives Used for Traditional Medicine on the Membrane Boundary Potential and Lipid Packing Stress. International Journal of Molecular Sciences. 2025, 26, 11237. (Q1, IF: 4.9)
	Anh Hung Nguyen, Anh Tuan Do, Nguyen Ngoc Linh, Minh Quan Pham, Son Tung Ngo, Thi-Kim-Dung Le. Searching for potential xanthine oxidase inhibitors from Vietnamese herb plants via computational studies. Computational Biology and Chemistry. 2025, 108763. (Q2, IF: 3.1)
	Nguyen Thi Thanh Uyen, Angela Wei Hong Yang, Quynh-Anh Ngoc Nguyen, Andrew Hung, Son Tung Ngo, George Binh Lenon. Fucoidan for Lung Cancer Therapy: A Review of Classification, Mechanisms, and Preclinical Studies. ACS Omega. 2025, 10, 48, 58012–58028 . (Q1, IF: 4.3)
	Tan M. Dang, Thi D. T. Nguyen, Tam V.-T. Mai, Son Tung Ngo and Lam K. Huynh (2025). Atmospheric Oxidation of N-Methyl Succinimide Initiated by OH Radicals: A Theoretical Study. ACS Earth and Space Chemistry 9.9 (2025): 2304-2312.
	Quynh Mai Thai, Trung Hai Nguyen, George Binh Lenon, Huong Thi Thu Phung, Jim-Tong Horng, Phuong-Thao Tran, Son Tung Ngo. Estimating AChE inhibitors from MCE database by machine learning and atomistic calculations. J. Mol. Graph. Model. 2025, 134, 108906. (Q2, IF: 2.7)
	Pham Thi Thu Thao, Dinh Quy Huong, Nguyen Minh Thong, Mai Van Bay, Son Tung Ngo, Quan Van Vo, Pham Cam Nam. Revisiting the radical trapping activity of N–H and O–H in N-phenylhydroxylamine: a DFT study. Phys. Chem. Chem. Phys. 2025, 27, 8457-8466 (Q2, IF: 3.7)
	Tran Thi Hoai Van, Minh Quan Pham, Truong Thi Thu Huong, Bui Nguyen Thanh Long, Pham Quoc Long, Le Thi Thuy Huong, George Binh Lenon, Nguyen Thi Thanh Uyen, Son Tung Ngo. Searching potential GSK-3β inhibitors from marine sources using atomistic simulations. Mol. Divers. 2025 (Q2, IF: 3.9)
	Quynh Mai Thai, Huong TT Phung, Nguyen Thanh Tung, Linh Hoang Tran, Son Tung Ngo. Assessing the ligand-binding affinity of chitinase inhibitors using steered-molecular simulations. Chem. Phys. Lett. 2025, 864, 141899. (Q2, IF: 2.8)
	Thong Nguyen-Minh Le, Thong Le Minh Pham, Thang Bach Phan, Yoshiyuki Kawazoe. Stabilization of small organic molecules on V2C and V2CO2 MXenes: first-principles insights into the performance of van der Waals functionals and the effect of oxygen vacancies. RSC Adv. 2025, 15, 301-311. (Q1, IF: 3.9)