ThS. Phạm Ngọc Quỳnh Anh

1

Xác định chất ức chế tiềm năng của protease SARS-CoV-2 bằng phương pháp tính toán

2019 - 2020

Cấp Bộ (Quỹ Phát triển KHCN quốc gia NAFOSTED, mã số 104.99-2019.57)

- Thực hiện mô phỏng docking để tìm hợp chất có tiềm năng ức chế protease của SARS-CoV-2.

- Đánh giá hiệu quả ức chế của các hợp chất đã chọn thông qua phân tích động lực học phân tử.

2

Xác định chất ức chế tiềm năng của enzyme acetylcholinesterase (AChE) bằng phương pháp deep-learning kết hợp thực nghiệm

2019 - 2020

Cấp Bộ (Quỹ Phát triển KHCN quốc gia NAFOSTED, mã số 108.05-2020.01)

- Chuẩn bị danh sách hợp chất có tiềm năng ức chế AChE để nhập vào hệ thống deep-learning.

- Thực hiện thí nghiệm để xác nhận hiệu quả của các hợp chất được mô phỏng.

3

Nghiên cứu thực khuẩn thể tái tổ hợp làm vaccine SARS-CoV-2

2020 – 2022

Cấp Trường (VNU-HCM, thông qua quỹ AUN/SEED-Net)

- Tạo plasmid tái tổ hợp mang gen RBD của SARS-CoV-2.

- Tạo thực khuẩn thể tái tổ hợp có chứa gen RBD.

- Sản xuất và tinh sạch thực khuẩn thể để sử dụng làm vaccine thử nghiệm trên chuột.

4

Phân lập và phân tích đặc điểm thực khuẩn thể chống lại Xanthomonas oryzae pv. oryzae gây bệnh bạc lá lúa

2020 – 2022

Cấp Sở (Sở KH&CN TP.HCM, mã số 110/2020/HĐ-QPTKHCN)

- Phân lập vi khuẩn và thực khuẩn thể từ mẫu đất, nước và lá cây lúa.

- Đánh giá khả năng kháng môi trường của thực khuẩn thể với các yếu tố nhiệt độ, pH, dung môi hữu cơ và tia UV.

- Tách chiết DNA/RNA của thực khuẩn thể để giải trình tự gen.

- Xác định thời gian ly giải và kích thước burst size của thực khuẩn thể.

5

Phân lập và phân tích đặc điểm thực khuẩn thể chống lại Pseudomonas solanacearum gây bệnh héo xanh trên cà chua

2020 – 2022

Cấp Trường (VNU-HCM, mã số B2021-20-09)

- Phân lập thực khuẩn thể từ đất, nước và mẫu lá cây cà chua.

- Xác định burst size, thời gian ly giải và tính ổn định của thực khuẩn thể.

6

Sàng lọc hợp chất tự nhiên tiềm năng chống lại virus đậu mùa khỉ (MPXV)

2022 - 2024

Cấp Bộ (Bộ KH&CN Đài Loan, National Science and Technology Council, Taiwan – NSTC, 111–2321-B-182–001)

- Xác định giá trị độc tính tế bào (CC50) của các hợp chất trong thư viện hơn 300 hợp chất y học cổ truyền.

- Lựa chọn các hợp chất tiềm năng có độc tính thấp để tiếp tục nghiên cứu khả năng kháng virus MPXV.

7

Tích hợp mô phỏng và thực nghiệm để xác định các chất ức chế neuraminidase của virus cúm

2022 - 2024

Cấp Bộ (Bộ KH&CN Đài Loan, National Science and Technology Council, Taiwan – NSTC, 112-2320-B-182-034-MY3)

- Tổng hợp danh sách hơn 400 hợp chất có tiềm năng ức chế neuraminidase (NA) từ dữ liệu mô phỏng máy tính.

- Kiểm tra sự có sẵn của các hợp chất trên thị trường.

- Thực hiện sàng lọc thuốc bằng xét nghiệm tế bào (MTT assay) và xét nghiệm enzyme (NA-Fluor™ Assay).

8

Khám phá tác động của protein không cấu trúc EV-D68 lên việc điều hòa quá trình ferroptosis

2022 - 2024

Cấp Bộ (Bộ KH&CN Đài Loan, National Science and Technology Council, Taiwan – NSTC, 113-2321-B-182-003)

- Nghiên cứu xem EV-D68 có thể kích hoạt ferroptosis không và xác định con đường ferroptosis bị tác động.

- Sử dụng Western Blot và RT-qPCR để đánh giá sự biểu hiện của các marker ferroptosis.

- Thiết kế và tạo plasmid tái tổ hợp chứa trình tự protein không cấu trúc của virus, xác thực qua sequencing, immunofluorescence và Western Blot.

- Thực hiện thí nghiệm chuyển nạp plasmid để đánh giá ảnh hưởng của protein virus lên ferroptosis.

9

Nghiên cứu cơ chế và tiềm năng điều trị của chất ức chế IsoQC trong liệu pháp miễn dịch ung thư

2024 – hiện tại

Cấp Bộ (Bộ KH&CN Đài Loan, National Science and Technology Council, Taiwan – NSTC, NMRPD1N1292)

- Thực hiện thí nghiệm phagocytosis để đánh giá tác động của thuốc lên khả năng thực bào.

- Thực hiện và theo dõi mô hình chuột để kiểm tra hiệu quả điều trị khối u của thuốc.

- Phân tích cơ chế tác động của thuốc lên các protein miễn dịch quan trọng bằng phương pháp ELISA.

- Ứng dụng CRISPR-Cas9 để tạo dòng tế bào ung thư CD19 KO, xác nhận hiệu quả chỉnh sửa gen và sử dụng trong mô hình chuột để đánh giá hiệu quả của liệu pháp CAR-T kết hợp thuốc.

1

Computational determination of potential inhibitors of SARS-CoV-2 main protease

2020

Journal of Chemical Information and Modeling

2

Identifying possible AChE inhibitors from drug-like molecules via machine learning and experimental studies

2022

ACS Omega

3

Potential of some phages against Pseudomonas solanacearum causing bacterial wilt in tomato

2023

Journal of Applied Biology and Biotechnology

4

Complete genome sequence of a novel lytic phage of Xanthomonas oryzae pv. oryzae, the bacterial leaf blight pathogen in rice

2023

Archives of Virology

5

Biological Characterization and Genomic Analysis of Novel Phages DLDT_So2 and BHDT_So9 Against Pseudomonas solanacearum

2023

Indian Journal of Microbiology

6

Isolation and toxicity of Xanthomonas oryzae pv. oryzae in rice and a collection of phages against the pathogen

2024

Malaysian Journal of Microbiology

7

Discovering Influenza Virus Neuraminidase Inhibitors via Computational and Experimental Studies

2024

ACS Omega, Vol. 9, Issue 49

8

Natural compounds inhibit Monkeypox virus methyltransferase VP39 in silico studies

2025

Journal of Biomolecular Structure and Dynamics

9

Designing potential inhibitors for AChE from quinazoline derivatives.

2025

Journal of Molecular Structure